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陳寅恪在1920年代倡導,為人治學當有“自由之思想,獨立之精神”。1953年已決定其為中國科學院歷史研究所第二所所長。在他1953年12月1日的《對科學院的答復》里,提出就任所長的兩個條件。第一條:“允許中古史研究所不宗奉馬列主義,并不學習政治。”第二條:“請毛公或劉公給一允許證明書,以作擋箭牌。”并說:“其意是,毛公是政治上的最高當局,劉公是黨的最高負責人。我認為最高當局也應和我有同樣看法,應從我之說。否則,就談不到學術研究。”遂不能就任。仍任教于中山大學。此事于20世紀80年代方公之于世。